1957年發掘的浙江吳興邱城遺址，下層是以紅陶為主的遺存。1959年，浙江省文物管理委員會等單位在嘉興馬家浜遺址發掘，發現有與邱城下層同類的遺物并有房基、墓葬等遺跡。同年，江蘇省文物工作隊發掘的吳江梅堰遺址中，也含有這一類遺存。60年代，有人把它歸屬于青蓮崗文化。后來，有人進一步定為青蓮崗文化江南類型的馬家浜期。70年代起，有人把它與青蓮崗文化相區分，提出了馬家浜文化的命名，現已普遍得到承認。經發掘的主要遺址，除馬家浜、邱城外還有浙江桐鄉羅家角，江蘇吳縣草鞋山、常州圩墩等。
1959年初春，嘉興南湖鄉天帶橋馬家浜地方在漚肥挖坑中發現大量獸骨和古代遺物。1959年3月間，浙江省文物管理委員會與省博物館、杭州大學歷史系、杭州師范學院歷史系等6個單位組成考古隊進行了發掘。
馬家浜遺址位于嘉興西南7．5公里，面積約15000平方米，發掘區在遺址的中部，共布探方5個，計213平方米。表土層下文化層分上下兩層；上層以灰黑色黏土為主，并有紅燒土層和淤泥層，厚達12—80厘米，包含物有獸骨、石錛、礰石、骨鏃和各種質地的陶片，還有建筑遺跡；下層為含有大量腐爛的獸骨碎片的黑色黏土，厚達15—75厘米，包含的獸骨比上一層更多，還有骨管、骨錐、骨針、骨鏃以及石斧、礰石和陶片等。在上下層交接處的淤泥中發現了墓葬，出土30具人骨架，其中6具身旁有隨葬品，生產工具置于腰部，裝飾品置于頭部，陶器位置不一。出土的器物有穿孔石斧1件、陶豆2件、罐4件、盆1件、紡輪1件、玉珠2件。還發現長方形房屋遺跡，南北7米，東西3米，門朝東，周邊一圈柱洞，尚有殘存的木柱，有的木柱洞底墊放木板。室內是經過加工的黃綠色土面，還有帶樹枝和蘆葦痕跡的紅燒土塊堆積的墻壁殘跡。在下文化層中還發現了碳化圓角菱，與現在的南湖菱相仿。[1]
從出土的器物和遺跡看，生產工具中磨制石器有孔石斧、弧背石錛；生活用具中的夾砂紅陶素面腰沿釜、牛鼻式雙耳罐、帶嘴平底盉，以及地面木構建筑住房、公共墓地和俯身直肢葬式等等，都是馬家浜文化時期的主要特征，是一種與黃河流域原始文化不同的文化形態。
馬家浜遺址的發掘，引起了國內外考古界的重視。1959年5月，新華社發了消息，并記入《中華人民共和國要聞錄》。此后，文物考古界對馬家浜文化的歸屬，展開了學術討論。1977年11月在南京召開的長江下游新石器時代學術討論會上，夏鼐等考古學家認為長江流域和黃河流域同是中華民族文化起源的搖籃，并確認嘉興馬家浜遺址為代表的馬家浜文化是長江下游、太湖流域新石器時代早期文化的代表，從此，馬家浜文化正式定名。1981年12月在杭州召開的全國第三屆考古學會年會上，到會專家學者聽取了羅家角遺址發掘報告后，加深了對馬家浜文化的認識。1984年11月在嘉興召開的太湖流域古文化討論會上，考古學家蘇秉琦教授對馬家浜文化的發生和發展，給予很高的評價。馬家浜文化已載入《大不列顛百科全書》和1990年出版的《中國大百科全書?考古卷》，確定了它在史前文化考古中的地位。 馬家浜文化類型在嘉興市境內的重要遺址有嘉興的馬家浜、吳家浜、干家埭、鐘家港；桐鄉的羅家角、譚家灣、張家埭、新橋、吳家墻門；海寧的郭家石橋、墳橋港； 海鹽的彭城，平湖的大墳塘，嘉善的小橫港、大往遺址等。在太湖流域的蘇、錫、常、滬、杭、湖地區中，有湖州邱城、杭州吳家埠、蘇州越城、吳縣草鞋山、吳江梅埝、袁家埭、上海青浦崧澤下層和常州圩墩、武進潘家塘的下層。
1979年11月至1980年1月，由省文物考古所與嘉興地區文物管理委員會組織考古隊，配合農田基本建設對羅家角遺址進行了發掘。發掘總面積為1338平方米，清理灰坑 53個。發現4個文化層，各文化層的包含物十分豐富，獲得小件編號器物794件，有陶片5萬多斤，獸骨2千多斤，還發現了帶榫卯的建筑木構件和稻谷等植物遺存。出土 稻谷156粒，其中粳谷55粒，秈谷101粒。羅家角遺址的4個文化層都屬馬家浜文化，代表了馬家浜文化的若干個不同發展階段，豐富了馬家浜文化的內涵，找到了馬家浜文化的早期類型，是我國考古工作又一重大成績。羅家角第4文化層出土的蘆葦經碳14 測定，為距今7040±150年，第4文化層出土的陶片熱釋光測定為7170±l0％年，兩種測定結果基本一致。馬家浜文化的年代為公元前4000——5000年。
羅家角遺址的發掘，引起了中外學者的注意。1987年日本農耕史代表團專程到羅家角遺址考察馬家浜文化，1989年日本東亞稻作文化起源考古代表團到羅家角遺址考察時說：“羅家角遺址發掘出土稻谷，證明這里是日本栽培水稻的發源地之一。”代表團成員日本廣播大學教授、農學家渡部忠世說：“日本出版的有關馬家浜文化的書刊都把羅家角寫成羅家谷，這是因為它是水稻的發源地的緣故。”
主要文化特點有三：
盛行俯身葬。有些死者頭骨用陶器覆蓋，或是把頭骨另放在陶器內，這是較為特殊的一種葬俗。
陶器主要是紅陶，以外紅里黑或表紅胎黑的泥質陶為特色，多素面，外器耳的罐、圓錐足鼎等具有代表性。
根據圩墩遺址的地層堆積，結合羅家角、馬家浜、草鞋山等遺址的地層關系和陶器演變的排比資料，目前可將馬家浜文化分為三期。
早期：為馬家浜下層和羅家角第四層。陶器以灰黑陶和灰紅陶為主，繩紋較多見，器型以釜為主。
中期：為馬家浜上層，羅家角第一、二、三層，圩墩下層和草鞋山第十層。陶器以夾砂（包括夾蚌）紅褐陶為主，仍有一定數量的灰黑陶和灰紅陶，以素面的為多，繩紋基本消失，器型仍以釜為主，出現少量的鼎和較多的豆，還有牛鼻形耳的罐。
晚期：為圩墩中層和草鞋山第八、九層。陶器以夾砂紅陶和泥質紅衣陶為主，主要器型是釜、鼎、豆。
社會經濟：農業生產是馬家浜文化居民定居生活的基礎。在圩墩發現1件殘木鏟，僅存鏟身，兩面削成扁平狀，刃部較薄，應是掘土工具。收獲用的石刀數量較少，而且制作也較粗糙。作物主要是水稻，在羅家角、草鞋山和崧澤遺址下層都發現稻谷，經鑒定有秈稻和粳稻兩種。羅家角第三、四層出土的粳稻，年代在前5000年左右，是目前中國發現的最早的粳稻遺存。同時，在羅家角遺址還發現有秈稻。從粳、秈稻粒的數量比例分析，當時秈稻的種植比粳稻要發達。同時，還飼養豬、狗、水牛等家畜。
漁獵經濟也占有較重要的地位。發現的骨鏃，以柳葉形的居多。在馬家浜、崧澤、圩墩等遺址的下層，都有大量的獸骨堆積。如馬家浜有的獸骨堆積厚達二三十厘米。圩墩的野生動物骨頭經過鑒定，有梅花鹿、四不像、野豬、獐、貉、蟹獴和鳥類、草龜、黿、鯽魚等。其中，梅花鹿、四不像和野豬的數量較多。在一些遺址中還發現有野生的桃、杏梅的果核和菱角等，這些是人們從事采集活動的例證。
石器的磨制技術較高，器類以（石奔）為主，體型較厚，有孔石斧大都呈舌形，體也較厚。這種磨制精致的磷、斧，主要應是加工木器的工具。在圩墩遺址發現有鏟、喇叭形器等木器。在喇叭形器的下端，還有暗紅色或黑色并略帶光澤的涂料。陶器有夾砂陶和泥質陶兩種，均為手制。一般陶色不甚純正。器表以素面的為多，紋飾有堆紋、弦紋、鏤孔、圓窩紋、刻點紋、繩紋、籃紋等。主要器形有釜、，鼎、豆、罐、甕、盆、缽、盉等。還出土有陶質爐、算、三足壺形器等為其他文化所未見的器物。大都火候不高，陶質較軟，制陶技術還處于較低的階段。在草鞋山遺址發現了前4000多年的5塊殘布片，經鑒定，原料可能是野生葛。系緯線起花的羅紋織物，密度是每平方厘米經線約10根，緯線羅紋部約26--28根，地部13－-t4根。花紋有山形斜紋和菱形斜紋，組織結構屬絞紗羅紋，嵌入繞環斜紋，還有羅紋邊組織。這是中國最早的紡織品實物。
居地和墓葬：在草鞋山遺址，發現由10個柱洞圍成的近圓形的房基殘跡，面積約6平方米。在馬家浜遺址發現的是長方形房基，面積約20平方米，其東、西兩側各保存柱洞5個，南面一側有柱洞3個。上述兩地房屋的柱洞中，有的還殘存木柱或在洞底墊有朽木板。這種木板與柱礎的作用相似。圩墩遺址出土有榫卯結構的木柱。在邱城遺址發現的居住面用砂土、小礫石、陶片、貝殼和骨渣等混合筑成，還在居住區內挖小型溝道，附近有石筑的長條形公共燒火溝。 [2]
在馬家浜、圩墩、草鞋山等地共發現墓葬200多座。多為單人俯身葬，也有仰身直肢葬、屈肢葬和側身葬等，多數頭向北。在草鞋山和圩墩墓地，還發現有幾座同性合葬墓，同一墓內的死者年齡相近。在草鞋山有些死者頭骨用釜、缽、盆、豆等陶器覆蓋，有的把頭骨另放在陶器內。隨葬器物一般都很少，主要是日用陶器。草鞋山的106座墓中，有25座無隨葬品，其他的有1--4件，最多的為1座成年女性墓，有9件。隨葬品大都是1件食器，或食器和炊器各1件。食器以豆為多，其次為缽，也有罐、盆、杯等，炊器以釜為多，或用鼎代釜。用生產工具隨葬的只有2座墓，各放1件石斧。有的墓還隨葬玉塊、玉環、玉鐲等裝飾品以及鹿角、獸牙、蚌殼等。一般認為，馬家浜文化處在母系氏族社會時期。上述同性合葬墓的出現，大體是這個階段在葬俗上的一種反映(見中國古代墓葬制度)。
與其他文化的關系：有人認為，馬家浜文化由河姆渡文化發展而來。持此意見者把河姆渡遺址第三、四層定為河姆渡文化，將其第二層歸屬馬家浜文化，并認為由地層疊壓和器物演變上，這兩種文化是先后承襲發展的。另一種意見認為，河姆渡遺址第一至第四層均屬河姆渡文化，馬家浜文化則另有來源，需再作探索。持此意見者指出，馬家浜文化的中、晚期，與河姆渡遺址第二層的年代大體相當，而分屬于兩個考古學文化，存在相互影響交流的關系。例如，河姆渡遺址第二層的泥質外紅里黑陶、牛鼻形耳的罐等，與馬家浜文化的有相似之處，是河姆渡文化晚期受馬家浜文化影響的結果；同時，在河姆渡遺址還發現1件作為馬家浜文化代表性陶器的殘寬檐釜，明顯是在馬家浜文化影響下產生的。
馬家浜文化的圩墩遺址與南京北陰陽營遺址(見北陰陽營文化)相比較，器物的差別是主要的，但也有部分近似的器物，例如扁平穿孔石鋤、有孔石斧、扁足釜形鼎、斂口矮圈足豆、單耳罐和帶流圈足罐等，這說明了兩者之間有著密切的關系。另外，曾在江蘇北部淮安青蓮崗遺址發現有個別的寬檐釜，當是在馬家浜文化影響下的產物。
至于馬家浜文化的去向，在草鞋山遺址第七層發現6座墓葬，頭向、葬式與疊壓在其下的第八、九層馬家浜文化墓葬相似，而陶器的陶質和大部分器形，又具有崧澤文化的特點，因此，有的意見把這層作為馬家浜文化向崧澤文化過渡的例證。通過普遍發現崧澤文化、馬家浜文化的上下層疊壓關系，以及從整體上分析這兩種文化遺存的內涵，可以確定從馬家浜文化演變發展成為崧澤文化
