疑團之一，徐福東渡是否到達日本？關于徐福的目的地的問題，學術界大多數學者認為，徐福東渡確實到了日本，甚至有人提出，徐福到日本后建立了日本王朝，徐福就是神武天皇；也有學者對此一說法提出質疑。認為到了海南島或者是朝鮮，還有人提出到了美洲。

　　據《史記·淮南衡山列傳》中的記載："徐福得平原廣澤，止王不來。" 可以推測徐福登陸地是一平原。日本是一個由三千多個小島組成的島國。本州、九州、四國與北海道是其中四個大島，總面積達到37.67萬平方公里。全國有24%的面積為平原。較大的平原有關東平原、濃尾平原、畿內平原等。除日本列島外，其他島嶼沒有"平原廣澤"的地理特征。

　　另外，徐福東渡日本，在后世的史書資料中也有記載。在《三國志·吳書·吳主傳》中也有記載："長老傳言秦始皇遣方士徐福將童男女數千人入海，求蓬萊神山及仙藥，止此洲不還。"《后漢書》中，把徐福入海求仙事件附在倭國之后。五代時期義楚和尚所寫《義楚六貼》中提到："日本亦名倭國，在東海中，秦時，徐福將五百童男，五百童女止此國。" 在日本學術界，也有不少史料記述徐福到日本的情況，有《神皇正統記》、《林羅山文集》、《異稱日本傳》、《同文通考》等文獻。林下見林在《異稱日本傳》中說："夷洲、澶州皆日本。相傳紀伊國熊野之山下有徐福墓。熊野新宮東南有蓬萊山，山前有徐福祠。"新井君美在《同文通考》中說，"今熊野附近有地曰秦住，土人相傳為徐福居住之舊地。由此七八里有徐福祠。其間古墳參差，相傳為其家臣之冢。如斯舊跡今猶相傳，且又有秦姓諸氏，則秦人之來往乃必然之事"。和歌山新宮町《秦徐福碑文》這樣描述："今東�？僧斉钊R者，無可舍皇國他求，則謂日本國，得其實也必矣。"

　　在日本民間，徐福被尊稱為農神、蠶桑神、醫藥神。還一些日本人認為自己是徐福的后裔，他們的根據是：在日語中，秦與羽田的發音相同。日本前首相羽田孜就稱自己是徐福的后裔。他說："我是秦人的后裔，我的姓在很早以前寫作'秦'，我當首相時，考古學家和歷史學家對我的家族進行了調查，并在祖墓碑上發現了'秦'字。"

　　然而，有些學者認為，徐福東渡日本只是傳說。日本古文獻中載有徐福傳說者以《神皇正統記》(1339年)為最早，其他大約是十七八世紀的記載，因此他們推斷是受了宋元以來中國文獻的影響。在隋唐時期，日本與中國交往極為頻繁，但在文獻之中卻罕見"徐福"二字。又有學者認為，徐福東渡是歷史事實，但不是去了日本，而是美洲，因為徐福東渡的時間與美洲瑪雅文明的興起相吻合。臺灣前上海暨南大學教授、南京古物保存所所長衛聚賢在《中國人發現美洲》考證，美洲特產四十多種動植物礦產為先秦人民所知。如《春秋》記載"六□退飛過宋都"，"□"即美洲特有的"蜂鳥"。是殷朝被滅國后，部分殷人逃到北美后，回國觀光帶回六只蜂鳥，齊桓公為紀念此次遠征，特在旗上繪制"蜂鳥圖"。聚賢認為哥倫布在發現美洲之前，已有多位中國人到過美洲，故徐福后來東渡美洲很有可能。吳人《外國圖》指出"亶洲去瑯琊萬里"，根據距離分析根本不是日本，而是美洲。最早記述倭國的《后漢書》是把亶洲與日本區別開來的。"亶"字有大島的涵義，美洲大陸像"亶"字。故以字形命名。現在檀香山還遺有帶有中國篆書刻字的方形巖石，舊金山附近也有刻存中國篆文的古箭等文物出土，所有這些都是徐福東渡美洲的明證。

　　疑團之二，徐福東渡為何東渡？關于徐福東渡的原因，據《史記》所言，秦始皇不惜以巨資支持徐福東渡，是為了尋神山仙藥，求長生不死藥�！妒抻洝芬策@樣記載："秦始皇時，大宛中多枉死者橫道，數有鳥銜草，覆死人面皆登時活，有司奏聞始皇。始皇使使者赍此草，以問鬼谷先生，云是東海中祖洲上不死之草，生瓊田中，一名養神芝。其葉似菰，生不叢，一株可活千人。始皇于是謂可索得，因遣徐福及童男童女各三千人，乘樓船入海，尋祖洲不返。"